For Loop pour tracer la courbe de survie dans Shiny

I am using the diabetic data set from the survival package in R. Within that dataset, is the column age. If I were to plot time-to-event curves comparing the patients' age, I would have way too many survival curves. I want it so that when I select the "age" button for my input, it splits the age column into 4 groups, so that when I plot the survival curve, I only have 4 curves. I keep getting an error though. Am I writing the loop correctly?

ui <- navbarPage(title = "Diabetic Retinopathy",
  ### Page 1 ###
  tabPanel(title = "Survival Curves",
  sidebarLayout(
  sidebarPanel(
  radioButtons(inputId = "comparison",
   label = "Select variable you wish to compare",
   choices = c("laser", "age", "eye", "risk"),
   selected = "laser")
  ),
  mainPanel(
  tabsetPanel(
  tabPanel(title = "Plot", 
   plotOutput(outputId = "curve")),
  tabPanel(title = "Summary", 
   verbatimTextOutput(outputId = "details"))
  )
  )
  )
  )
 )
server <- function(input, output, session) {
 ### Page 1 ###
 fit <- reactive(
 surv_fit(as.formula(paste("Surv(time, status) ~ ", 
  if(input$comparison == "age") {
  for(i in diabetic$age) {
   if(i < 15) {
   diabetic$age[i] <- "lessthan15"
   } else if(i >= 15 & i < 30) {
   diabetic$age[i]<- "fifteento30"
   } else if(i >= 30 & i < 45) {
   diabetic$age[i] <- "thirtyto45"
   } else {diabetic$age[i] <- "fortyfiveplus"}
  } 
  } else {return(input$comparison)})), data = diabetic)
 )
 
 output$curve <- renderPlot(
 ggsurvplot(fit())
 )
}
shinyApp(ui, server)

Image du message d'erreur ici


Solution du problème

dans surv_fit(as.formula(paste("Surv(time, status) ~ ",etc., deux choses se sont mélangées :

  • coller le prédicteur (laser, âge,...) à partir de la valeur deinput$comparison

  • manipuler la colonne d' âge de dataframe diabetic - qui ne renvoie cependant aucun terme de formule significatif

    • Vous pouvez ajouter une colonne age_class à vos données dès le début et l'utiliser comme option pour votre sélecteur de comparaison.

    PS : pour convertir le numérique (age) en facteur (age_class) sans if-else-skyscrapers :

    df$age_class <- cut(df$age, 
      breaks=c(-Inf, 15, 30, 45, Inf),
      labels=c("lessthan15","fifteento30",
      "thirtyto45","fortyfiveplus")
      )

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